В 1910 г. началось строительство Алтайской железной дороги, оконченное к 1915 г. (конечные пункты — города Семипалатинск и Бийск).  Судьба Ново-Николаевска могла бы стать похожей на десятки российских городов, которые таким же образом выросли из станционных поселков на пересечении больших рек и Великой Сибирской железнорожной магистрали, но вмешался случай. В Петербурге было принято решение связать железной дорогой Сибирь с Алтаем. Существовали разные варианты отправного пункта, но В. И. Жернаков, городской голова Ново-Николаевска, в течение трех лет всеми средствами пытался убедить Имперскую Комиссию по железным дорогам в том, что прокладывать дорогу на Семипалатинск (конечный пункт Алтайской ветки) нужно именно от станционного городка Ново-Николаевска. В итоге 3 июня 1912 года состоялось главное для будущего Новосибирска событие: жернаковский вариант прошёл Высочайшее утверждение и Ново-Николаевск в одночасье стал крупнейшим в России мультимодальным узлом. Дело в том, что южная железнодорожная ветка автоматически меняла статус всех остальных, исходящих от города, транспортных лучей — они становились транснациональными. В Ново-Николаевске начался экономический бум — в 1915 году, когда строительство железной дороги «Ново-Николаевск-Семипалатинск» ещё только подходило к концу, в будущей столице Сибири при 70 тысячах населения работало 7 банков.  

Железнодорожные пути этой дороги, ответвившись от Великой Сибирской магистрали в районе моста через Обь, прошли по Закаменской части Новониколаевска, для чего пришлось снести значительное число жилых усадеб. Дорога пролегла частью в выемке, по насыпи и мосту через Николаевский проспект, по путепроводу у начала улицы Мостовой, а затем мостом через речку Каменку и снова в выемке в южном направлении. Пути отрезали большую территорию Закаменской части города от Оби. У улицы Никитинской и около завода «Труд» возникла железнодорожная станция Алтайская (в последствии - Новосибирск-Южный) с пассажирским каменным вокзалом, служебными и жилыми кирпичными зданиями дороги, водонапорной башней.