В посёлке Новониколаевске, ещё до возведения его в ранг города, имелась римско-католическая община, числившаяся филиацией Томского католического прихода. Молитвенный дом общины был построен на добровольные пожертвования в 1902 г. Параллельно с ростом Новониколаевска увеличивалось и число прихожан. Поэтому на земельном участке, находившемся в безвозмездном пользовании Новониколаевской католической общины, в 1905 г. в присутствии инженера Коссовского, членов строительного комитета и прихожан был заложен фундамент каменного костёла. Проект был выполнен инженером Венером. В 1909 г. строительство завершилось, и 12 мая костёл был освящён во имя святого Казимира.

Участок, принадлежавший общине, находился в районе пересечения улицы Иркутской и Обского проспекта. Кроме костёла там размещались польская школа и клуб, амбар, ледник, а также римско-католическое кладбище.

В 1931 г. (по другим сведениям в 1938 г.) костел был закрыт и отдан под склады, затем под клуб работников Промсовета. Более поздние варианты его использования неизвестны. Здание было разрушено ориентировочно в середине 1960-х гг., когда началось строительство ЦУМа, ступени которого разместились на месте бывшего костёла.